La verdad es que explicar lo que es la CONCACAF y la CONMEBOL es bastante extenso, y en algunos aspectos complicado. Así que intentaré hacerlo de la forma más fácil y breve posible.
América es el continente más extenso del mundo y, futbolísticamente se divide en dos Confederaciones. La CONCACAF (Confederation Of North Center America and Caribbean Association Football) reúne a los países de Norteamérica, Centroamérica y Caribe. Fue fundada en 1961 y engloba a más de cuarenta estados. Su competición de clubes más importante es la Liga de Campeones de la CONCACAF. Fue creada en 2008 en sustitución de la Copa de Campeones (fundada en 1962). A nivel de Selecciones destaca la Copa de Oro. Es un torneo en el que todos los países de esta Confederación tienen opción a jugarla, pero eso sí, sólo la disputan aquellos doce que logran clasificarse. Se creó en 1963 y desde 1991 siempre se disputa en territorio estadounidense.
Por su parte, la CONMEBOL (CONfederación suraMEricana de fútBOL) engloba a los países del llamado “Cono Sur” (a excepción de Guyana, Guyana Francesa y Antilla Holandesa que a pesar de estar en esta zona geográfica pertenecen a la CONCACAF). Fue fundada en 1916. A nivel de clubes posee la Copa Santander Libertadores (Llamada así por cuestiones de patrocinadores) y la Copa Nissan Suramericana (También por patrocinio). A nivel de selecciones coordina la Copa América, uno de los torneos más importantes del calendario futbolístico, que en 2011 se jugará en Argentina.
Respondiendo a la tercera pregunta, el Chivas de Guadalajara ha jugado la Copa Libertadores porque la organización del torneo les invitó. Siempre suelen proponerles su participación a equipos mexicanos y por lo general, la aceptan. Así pues, este año se ha dado una curiosa situación: El campeón de la Copa Libertadores tiene derecho a jugar el Mundial de Clubes si es un equipo de esa Confederación. Como en la final se van a enfrentar el Internacional (CONMEBOL) y el Chivas (CONCACAF), el Inter está automáticamente clasificado para esta competición gane o pierda ya que el otro finalista no tiene derecho a representar a la CONMEBOL porque pertenece a otra Confederación. Por su puesto, si el Chivas gana tendrá la Libertadores en su palmarés de títulos. Sin embargo, tampoco podría representar a la CONCACAF en el Mundial de Clubes porque no participó en la competición que da derecho a disputarlo: La Liga de Campeones de la CONCACAF. Este torneo lo ganó el Pachuca mexicano y será quien represente a esta Confederación.
Esta situación ya se dio en 2001 cuando el Cruz Azul mexicano jugó la final de la Copa Libertadores contra el Boca Juniors argentino. En esa ocasión ganó Boca.
FUENTES:
http://es.wikipedia.org/wiki/Concacaf
http://www.conmebol.com/conmebol/indexConmebol.html